소아 류마티스 관절염이 활동기에 있을 때에는 성장이 느려집니다. 치료에 의해 활동성이 억제되거나 질병의 관해기(증상이 심해지지 않고 유지되는 시기)에 있을 때에는 성장 가속이 일어날 수 있으나, 장기간 성장이 느렸던 소아가 다시 이전의 성장 속도로 돌아가는 경우는 드뭅니다. 치료제로 사용되는 스테로이드에 의해 성장이 지연될 수는 있으나(프레드니손 5 mg/m2/day 이상 용량으로 6개월 이상 사용 시 성장 지연) 만성적인 경과를 취하는 질병 자체의 활동성에 의해서도 키 성장이 저하될 수 있습니다.
병의 초기 활동기에 성장 인자 등의 국소 생성으로 골화 센터의 발달이 가속화되면서 관절염 부위의 뼈가 과도 성장하거나 혹은 뼈끝의 조기 융합으로 더 이상의 성장이 멈추면서 길이의 변화가 나타납니다. 또한 성장판이 닫히기 전에 병이 발생하는 경우 이환된 뼈는 결과적으로 짧아지게 되는데 한쪽 무릎에만 관절염이 있는 경우 다리 길이가 다르게 됩니다. 4세 이전에 턱관절 관절염이 있는 경우 소하악증이 생길 수 있습니다.
가장 무서운 합병증 중의 하나로 소수 관절형에서 주로 발생합니다. 서서히 발생하여 통증, 충혈, 두통, 눈부심, 시력저하 등의 증상이 나타나게 됩니다. 대부분 관절염 발생 후 5-7년에 나타나고 양측성으로 나타납니다.
포도막염의 활동성은 관절염의 활동성과 비례하지는 않으며 관절염에 앞서 또는 같이 발생하는 경우에는 예후가 나쁩니다.