대부분의 양성 심장 종양은 수술절제가 최선의 치료 방법입니다. 수술적 치료의 응급 여부는 심장 종양의 위치, 크기, 색전의 위험도, 증상여부 등에 따라 결정이 됩니다. 점액종과 같은 양성 종양에서 절제 가능한 경우, 수술 후 예후는 매우 양호 합니다.
원발성 심장암 중 가장 흔한 육종의 경우, 전반적으로 예후가 불량하기는 하나, 수술로 종양을 완전히 제거한 경우는 불완전 제거에 비해 생존율이 높은 것으로 나타났습니다. 수술 후 방사선치료, 면역 요법을 등의 화학요법 또는 심장 이식을 시도해볼 수 있으나 그 효과는 아직까지 명확히 밝혀지지 않았습니다. 전이성 심장암에서는 원인이 되는 원발성 종양에 따라 치료하게 되며 다량의 심낭액으로 인해 혈역학적으로 불안정한 경우 심낭천자를 시행하여 증상을 완화시켜줄 수 있습니다.