원발성 섬모운동이상증이나 카타제너 증후군의 원인적 결함을 교정할 수는 없습니다. 치료는 대증적으로 시행되며 체위배설 및 물리치료 등이 필요할 수 있고 인플루엔자 백신접종과 같은 예방적 방법도 권장됩니다.
적절한 항생제의 선택이 중요하나 예방적 항생제의 투여는 대부분의 경우 의미가 없습니다.
보존적 요법으로 잘 듣지 않는 만성 부비동염의 경우 수술적 요법이 도움이 될 수 있으며, 재발성 삼출성 중이염의 치료에는 환기관 삽입술이 거의 요구됩니다. 기관지 확장증, 반복되는 호흡기 감염 등은 유병률은 높으나, 폐기능의 저하도 매우 느려서 적절한 치료를 통해 정상적인 생활이 가능합니다.