85% 정도가 태양 노출부위인 머리와 얼굴에 발생하는 것으로 보아 오랜 기간 동안의 자외선 노출이 기저세포암의 발생에 관련하는 주요인입니다. 햇볕에 잘 타지 않는 하얀 피부, 금발, 소아기에 주근깨가 있던 사람, 피부암의 가족력이 있는 사람은 자외선이 환경요소로 작용하여 기저세포암이 발생할 위험이 높습니다.
기저세포암은 자외선 뿐 아니라 화상이나 외상의 흉터, 방사선 조사로 손상 받은 부위에서도 발생할 수 있습니다. 만성 궤양 및 반흔(흉터) 등에서도 기저세포암이 관찰되는 수는 있으나 편평상피세포암보다는 훨씬 빈도가 낮습니다. 재래식 환약에 포함된 비소 섭취에 의한 암은 주로 편평상피세포암이지만 간혹 표재성 기저세포암의 형태로 발생할 수 있습니다.
그 외 에이즈 환자, 장기이식 후 면역억제제 투여 중인 환자에서도 발생하며 색소성건피증이라는 특수한 병이 있는 경우, 선천적으로 피부가 매우 약해 기저세포암이 발생하기 쉽기 때문에 주의가 필요합니다.