만성 설사의 다양한 문제들을 분석하는 검사법은 매우 다양하고 일부는 비용이 많이 들 뿐 아니라 침습적입니다. 그러므로 진단을 위해서는 환자가 가지고 있는 증상과 징후가 중요한데, 환자의 증상을 듣고 환자에게 나타난 징후를 잘 관찰하고 기본적인 혈액검사를 분석하는 과정은 설사의 기전을 특성화하고 환자의 수분/전해질 및 영양상태를 파악하기 위해 꼭 필요합니다. 설사를 시작한 시점, 설사기간, 악화시키거나 호전시키는 인자(특히 음식) 및 설사의 양상을 확인해야 하며 변실금 유무, 고열, 체중 감소, 복통 또는 여행, 약물 및 설사환자와의 접촉 여부, 기타 장관외 증상인 피부변화, 염증성 장질환, 관절통, 경구 아프타 궤양 등이 있는지 알아야 합니다. 특히 대변의 특징은 유용한 정보를 제공할 수 있는데, 양이 많은 대변은 흡수장애나 분비성 설사를 시사하고 기름지고 냄새가 많이 나면서 물로 잘 씻어지지 않는 대변은 흡수장애에 의한 지방변을 의미합니다. 혈변이나 농이 섞인 대변은 염증성 장질환을 의심할 수 있고 점액변이 있는 경우는 염증성 장질환이나 과민성 장증후군을 생각해 볼 수 있습니다. 그 외에도 양이 많지 않으면서 급박성이나 복통이 있는 경우는 대장이나 직장병변의 가능성이 있고 변비와 교대로 나타나는 설사는 기능성 설사의 가능성이 높으며, 야간에 나타나는 설사는 기질적 이상일 가능성이 높습니다. 약물이나 식이습관에 대한 병력 역시 중요합니다. 솔비톨과 같은 비흡수성 당분(껌이나 캔디에 포함)의 복용력, 하제나 카페인 섭취 및 음주력의 확인이 필요합니다. 최근 2주 이내에 항생제 복용력이 있으면 장내 세균의 변화에 의한 항생제 유발 설사나 위막성 장염을 의심해 볼 수 있습니다. 우유나 유제품 섭취와 동시에 발생하는 복부팽만, 가스, 및 설사는 유당불내증의 가능성이 있습니다.환자의 기저질환에도 관심을 가져야 하는데, 당뇨 환자에서 동반된 자율 신경계 이상으로 인한 당뇨성 설사의 가능성을 염두에 두어야 하고 면역결핍 환자들에서는 만성 감염성 설사의 가능성이 있으므로 유의해야 합니다. 위수술이나 담낭절제술과 같은 수술력을 확인하고 여행력이나 오염 가능성이 있는 물을 음용한 경우에는 아메바나 기생충 감염같은 만성 감염성 설사을 고려해 볼 수 있습니다.
환자의 병력, 상태 등에 따라서 말초혈액 검사, 대변 검사, 대장내시경 검사, 방사선적인 검사 등을 시행할 수 있습니다. 또는, 어떤 특정 질환이 의심될 때 치료의 시도는 가끔 비용 효과면에서 유용할 수 있습니다. 예를 들면, 젊고 건강한 만성 수양성 설사 환자에게 금식을 시켜보았을 때 설사가 멎으면 유당제한 식이를 시도하거나, 산에 야영을 하고 온 환자에게 그에 적합한 항생제를 써보거나, 회장절제 후 식후 지속적인 설사를 하는 환자에게 콜레스티라민이라는 약제를 사용해 해볼 수 있습니다. 즉, 일상생활에 문제가 될 정도의 설사를 보이는 환자가 왔을 때, 환자의 의무기록을 확인하고 자세한 복부 검진을 포함한 신체 검진을 시행하게 되며, 실제로 설사가 문제가 되는지의 여부를 확인하게 됩니다. 그 후에 기질적 문제에 의한 설사인지, 기능성 혹은 만성 설사인지 혹은 짧은 잠복기를 지니는 바이러스나 세균성 감염에 의한 설사인지를 결정하게 됩니다.