딸꾹질 치료에서 가장 중요한 것은 치료 전 정확한 원인을 찾는 것입니다. 급성이나 일과성 딸꾹질은 대부분 저절로 좋아집니다. 따라서 여러 가지 검사나 치료가 필요한 경우는 많지 않습니다. 하지만 지속성이나 난치성 딸꾹질은 진찰을 받고 치료해야 하는 경우도 있습니다. 딸꾹질의 가장 효과적인 치료는 원인을 찾은 뒤, 이를 없애주거나 조절하는 것입니다. 예를 들어 위식도 역류 질환에 의해 생긴 딸꾹질은 프로톤 펌프 억제제(PPI)를 복용하면 증상이 좋아집니다. 뇌나 척수신경에 암이나 혈관 이상이 있으면 이를 치료할 때 딸꾹질도 자연스럽게 조절되기도 합니다. 복부 내장을 둘러싸고 있는 장막(복막)을 통해 투석하는 환자에서는 투석 약물을 바꾸어 주면 증상이 줄어듭니다. 딸꾹질의 원인을 찾고 치료하는 과정에서 딸꾹질을 조절하기 위한 여러 가지 치료 방법이 제시되어 왔지만, 원인을 정확하게 찾지 못하는 경우도 많습니다. 지금까지 지속성, 난치성 딸꾹질을 치료할 수 있는, 과학적으로 증명된 방법은 아직 없습니다.
급성 및 일과성 딸꾹질에 사용되는 전통적이고 경험적인 방법들은 다음과 같습니다. 놀라게 하기, 두 눈을 눌러주기, 경동맥 문질러주기, 발살바 호흡법(숨을 깊게 들이마신 뒤 숨 참기)등은 미주신경을 자극해 줍니다. 천천히 또는 빨리 물을 마시거나, 레몬을 물고 있기, 설탕 삼키기는 입 안과 식도를 자극하는 방법입니다. 숨 참기, 봉지 대고 숨쉬기는 몸의 이산화탄소를 증가시키기 위한 방법입니다. 그 외에도 혀의 깊숙한 곳을 칫솔로 눌러줘서 구역질을 하게 하거나 코를 통해 고무관을 넣는 것도 도움이 될 수 있습니다. 그러나 이런 경험적 방법들은 일시적 딸꾹질에만 좋은 효과를 보일 수 있고 난치성 딸꾹질은 잠깐 동안만 효과를 보이는 경우가 많습니다.
난치성 딸꾹질의 치료를 위해 많은 약물이 제시되었지만, 아직 과학적으로 증명된 치료약은 없습니다. 지금까지 제시된 약물을 중심으로 살펴볼 때, 난치성 딸꾹질 치료에는 뇌, 척수 등의 중추신경계에 작용하는 약물이 사용됩니다. 가장 많이 사용되는 약물은 클로르프로마진이며, 이 약물의 경우 졸리거나 갑자기 일어날 때 혈압이 떨어져 어지러움이 나타나는 부작용이 발생할 수 있습니다. 도파민의 효과를 억제하는 약물인 할로페리돌, 메토클로마이드도 증상 조절에 도움이 됩니다. 난치성 딸꾹질 치료에 자주 쓰이는 또 하나의 약물은 근육을 이완시키는 효과가 있는 바클로펜입니다. 이 약물은 어지러움, 졸림의 부작용이 나타날 수 있습니다. 한 가지 약물로 증상이 조절되지 않는 경우에 근육 이완제, 위장운동 촉진제, 프로톤펌프 억제제를 함께 사용하여 증상이 좋아졌다는 연구도 있습니다. 가바펜틴이라는 경련 억제 약물을 앞에 제시된 약물들과 함께 사용할 때 도움이 되었다는 결과도 있습니다.
초음파를 보면서 횡격막신경이나 목 부근의 경막외신경을 차단하는 방법(신경차단술)도 난치성 딸꾹질의 치료법으로 사용되고 있습니다. 그 외에도 침술이나 횡격막신경을 절제하는 수술이 부분적으로 도움이 되었다는 보고도 있습니다.