부갑상선 기능 저하증의 원인은 크게 선천적으로 발생하는 부갑상선 기능저하증과 후천적으로 발생한는 부갑상선 기능 저하증으로 분류됩니다.
선천적 부갑상선 기능 저하증은 출생 시부터 부갑상선이 없거나 적절한 기능을 수행하지 못하게 되는 경우로 이러한 경우 종종 가족력이 있습니다. 또한 다른 발달 장애가 동반되거나 흉선과 심장, 안면 형성에 이상을 동반하는 DiGeorge 증후군의 동반 증상으로 부갑상선 기능 저하증이 나타날 수 있습니다. 경우에 따라 증상의 발생 시기가 늦어질 수도 있으나 대부분 10세 이전에 증상이 나타납니다.
후천적으로 발생하는 부갑상선 기능 저하증은 수술 중에 부갑상선이 손상을 받거나 제거된 경우에 가장 흔하게 발생합니다. 갑상선 기능 항진증을 치료하기 위한 수술이나 갑상선암으로 갑상선을 제거하는 수술을 받는 경우, 혹은 부갑상선 기능 항진증에서 부갑상선 호르몬의 과도한 분비를 조절하기 위해 부갑상선을 제거하는 수술에서 발생할 수 있습니다. 자가 면역질환에 의해 부갑상선의 기능이 저하되는 경우도 있으며 그 외 드물게 갑상선 기능 항진증 치료를 위해 방사선 동위원소를 투여하는 경우에도 나타날 수 있습니다. 이와 같은 경우 부갑상선은 일시적 혹은 영구적으로 기능 저하가 올 수 있습니다. 하지만 갑상선 기능 항진증에 대한 약물치료가 과거 보다 보편화되었고, 갑상선 절제술 시 부갑상선을 보존하는 것에 대한 의사들의 인식이 높아져 후천성 부갑상선 기능 저하증의 발생은 과거보다 감소하였습니다.